En systematisk bogføring er nødvendig for at dokumentere, at de bevilgede midler anvendes korrekt og i overensstemmelse med god regnskabsskik.
Alle indtægter og udgifter skal registreres løbende i et elektronisk regnskabssystem eller en kassebog (typisk Excel) af de bogføringsansvarlige hos henholdsvis den danske organisation og partneren.
For at sikre fuld dokumentation skal hver eneste postering være understøttet af et bilag, som er godkendt efter organisationens procedurer og påført et nummer, der linker det direkte til bogføringen/regnskabet. For personale, hvis løn dækkes af bevillingen, er der desuden krav om anvendelse af et tidsregistreringssystem, så det faktiske timeforbrug kan dokumenteres og godkendes.
Denne proces foregår løbende under hele projektperioden, og alle bilag samt øvrigt regnskabsmateriale skal gemmes i 10 år efter endt indsats og CISUs godkendelse af afrapporteringen for at muliggøre efterfølgende kontrol og revision.