Budgettet udgør den økonomiske ramme for projektet og skal præsentere alle forventede omkostninger i hele danske kroner på en klar og gennemsigtig måde. Det er afgørende, at budgettet svarer nøje til projektbeskrivelsen, da det i vurderingen af ansøgningen vægtes højt, at ressourcerne er rimelige og velbegrundede i forhold til de aktiviteter og resultater, man ønsker at opnå.
De projektansvarlige i både den danske organisation og hos partneren udarbejder ønskværdigt budgettet i fællesskab, hvorefter det godkendes af den danske organisation i overensstemmelse med de gældende vedtægter.
Ved brug af CISUs obligatoriske budgetformater sikres det, at hver budgetlinje kan linkes direkte til de beskrevne outputs, og det er særligt vigtigt, at usædvanlige eller store poster begrundes grundigt i budgetnoterne. Budgettet fastlægges ved ansøgningen, men kan løbende justeres, hvis nødvendigt, gennem budgetændringer, som i visse tilfælde kræver forudgående godkendelse fra CISU.
Herudover stiller CISU krav om, at organisationen udarbejder et overblik over sine forventede samlede udgifter, og hvordan disse dækkes – et såkaldt Core Cost Budget. Dette krav er gældende, hvis organisationen enten har faste driftsudgifter, har flere forskellige donorer og indtægtskilder, eller hvis der udbetales lønninger finansieret af CISU-midler. Formålet er at sikre en fair og gennemsigtig fordeling af de organisatoriske omkostninger på tværs af forskellige indtægtskilder.